Трудовой договор

Здравствуйте!
В моем трудовом договоре написано, что "Общество обязуется выплачивать сотруднику должностной оклад в размере 7000 рублей в месяц". Организация, в которой я работаю, занимается созданием проектов по экологии для предприятий. Эти 7000 выплачиваются работодателем ежемесячно из выплат за проект, которым лично ты занимаешься. Каждый проект полностью готов не ранее 2-3 месяцев, потому как проходит различные этапы проверок - ЦЛАТИ, СЭС, Росприроднадзор, в которых регламентом установлен срок проверки - 1 месяц, поэтому эти 7 тыс. ты получаешь как бы авансом. Но вопрос не в этом. Все расчеты по зарплате мы делаем сами, а потом показываем начальнику. Так вот, стал я считать свою зарплату, и оказалось, что работодатель берет с каждого сотрудника по 5180 руб. ежемесячно за аренду и бухгалтера, 6% налог и 2% за обналичку.
Итого, почти за год работы в этой организации , выходит, еще и должен директору 40 тыс. Скажите, это нормально?